刑事自诉案件一般由犯罪行为地的法院管辖，如果被告人居住地与犯罪行为地不一致的，由被告人居住地的法院管辖。
在确定刑事自诉案件的管辖法院时，需要遵循一定的法律原则和规定。首先，犯罪行为地法院具有管辖权。犯罪行为地包括犯罪行为的实施地以及犯罪结果的发生地。这是因为犯罪行为地与案件的关联最为紧密，便于收集证据、调查案件事实以及保障诉讼的顺利进行。
例如，在一起故意伤害案件中，如果伤害行为发生在 A 市，那么 A 市的法院就有权管辖此案。
其次，如果被告人的居住地与犯罪行为地不一致，那么被告人居住地的法院也有管辖权。被告人的居住地一般是指被告人的户籍所在地。如果被告人的户籍所在地与经常居住地不一致的，经常居住地视为居住地。经常居住地是指被告人离开户籍所在地最后连续居住一年以上的地方。
比如，被告人户籍在 B 市，但在 C 市已经连续居住超过一年，此时若发生刑事自诉案件，C 市的法院也具有管辖权。
需要注意的是，几个法院都有管辖权的情况下，由最先受理的法院进行管辖。在管辖争议解决之前，任何一个有管辖权的法院都不得对案件作出判决。
此外，对于涉及到特殊类型的刑事自诉案件，如侵占罪，由被告人住所地的法院管辖。因为这类案件的特点是犯罪行为与被告人的住所地关系更为密切，便于案件的处理和执行。
总之，确定刑事自诉案件的管辖法院需要综合考虑犯罪行为地和被告人居住地等因素，以保障案件能够得到公正、及时、有效的审理。
法律依据：
《刑事诉讼法》第二十五条 刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。
