在办理职务犯罪案件中，认定自首需要综合考虑多个因素，包括自动投案、如实供述自己的罪行等。
职务犯罪案件中自首的认定是一个较为复杂且关键的法律问题。首先，自动投案是认定自首的重要条件之一。这意味着犯罪嫌疑人在未被办案机关采取强制措施之前，主动、直接向办案机关投案。然而，需要注意的是，并非所有主动到案的情况都能被认定为自动投案。例如，犯罪嫌疑人仅因形迹可疑被有关组织或者司法机关盘问、教育后，主动交代自己罪行的，也可能被认定为自动投案。
如实供述自己的罪行也是认定自首不可或缺的要素。这要求犯罪嫌疑人交代的犯罪事实与办案机关所掌握的情况基本一致。如果犯罪嫌疑人避重就轻，或者故意隐瞒部分重要事实，可能无法被认定为如实供述。
在职务犯罪案件中，还需要考虑投案的动机和目的。如果犯罪嫌疑人是为了获取从轻处罚而投案，但其投案后的表现并不真诚，例如不积极配合办案机关的调查，也可能影响自首的认定。
此外，对于单位职务犯罪中自首的认定，通常需要单位集体决定或者单位负责人决定并主动投案，如实交代单位犯罪事实。
总之，办理职务犯罪案件中认定自首，需要综合考虑犯罪嫌疑人投案的主动性、如实供述的程度、投案的动机和目的等多方面因素，以确保认定的准确性和公正性。同时，法律和司法解释对于自首的认定也在不断完善和细化，办案机关应当依据最新的法律规定和司法实践进行判断。
法律依据：
《刑法》第六十七条，犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，可以免除处罚。被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯，如实供述司法机关还未掌握的本人其他罪行的，以自首论。犯罪嫌疑人虽不具有前两款规定的自首情节，但是如实供述自己罪行的，可以从轻处罚；因其如实供述自己罪行，避免特别严重后果发生的，可以减轻处罚。
