回扣和佣金的区别主要体现在法律性质、支付方式、合法性以及目的等方面。回扣通常是非法的暗中操作，而佣金是合法的公开约定。
首先，从法律性质上来看，回扣是经营者销售商品时在账外暗中以现金、实物或者其他方式退给对方单位或者个人的一定比例的商品价款，是一种不正当竞争行为，在大多数情况下是违法的。而佣金则是指经营者在市场交易中给予为其提供服务的具有合法经营资格中间人的劳务报酬，是合法的商业行为。
其次，支付方式有所不同。回扣往往是在暗中、秘密地进行支付，不体现在正规的财务账目中，具有较强的隐蔽性。佣金则是按照公开、明示的合同或协议，在财务账目中有明确的记录和体现。
再者，合法性方面存在显著差异。回扣由于其暗中操作、违背公平竞争原则，损害了其他经营者的合法权益，扰乱了市场秩序，通常被法律所禁止。而佣金只要符合法律规定的条件和程序，就是合法合规的。
最后，两者的目的也不一样。给予回扣的目的往往是为了获取不正当的交易机会或者优势，排挤竞争对手。而支付佣金的目的是为了补偿中间人所提供的服务，促进正常的商业合作和交易。
例如，在一场商业采购中，如果供应商私下给采购方的负责人一定金额的回扣，以促使采购方选择自己的产品，这种行为就是违法的回扣行为。但如果供应商按照事先约定，给促成交易的合法中介机构支付一定比例的佣金，这就是合法的佣金行为。
综上所述，回扣和佣金虽然在形式上有些相似，但在本质上存在着明显的区别。在商业活动中，应当明确区分并遵守相关法律法规，避免因混淆两者而陷入法律风险。
法律依据：
《刑法》第一百六十三条
