非法行医罪的立案标准主要包括以下情形：未取得医生执业资格的人非法行医，被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的；造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的；造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的；其他情节严重的情形。
非法行医罪是指未取得医生执业资格的人擅自从事医疗活动，情节严重的行为。其立案标准具有明确的法律规定。
首先，“未取得医生执业资格的人非法行医，被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的”。这意味着，如果一个人在没有合法行医资格的情况下开展医疗行为，且已经被相关卫生行政部门处罚过两次，仍然继续非法行医，就达到了立案的标准。这种情况反映出行为人对法律法规的漠视和对公共医疗秩序的严重破坏。
其次，“造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的”。这表明非法行医行为已经对患者的身体造成了实质性的损害。即使损害程度相对较轻，如轻度残疾或一般功能障碍，也应当予以刑事立案追究。因为医疗行为直接关系到人的生命健康，任何不当的操作都可能带来不可挽回的后果。
再者，“造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的”。由于甲类传染病具有极强的传染性和危害性，非法行医者若因自身不规范的操作导致传染病的传播风险，必然要受到法律的严厉制裁。
此外，“使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的”。医疗用品的质量和安全性至关重要，非法行医者使用不合格的医疗用品，极大地增加了患者的健康风险，达到足以严重危害人体健康的程度时，就应当被立案追究刑事责任。
最后，“其他情节严重的情形”是一个兜底条款，以适应现实中可能出现的其他严重危害公共医疗秩序和人民群众生命健康的非法行医行为。
总之，非法行医罪的立案标准旨在保护公众的医疗安全和健康权益，维护正常的医疗秩序。对于任何非法行医的行为，都将依法予以严肃处理。
法律依据：
《刑法》第三百三十六条
未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金;严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
