非法占用农用地罪的立案标准主要包括：非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上，或者非法占用防护林地或者特种用途林地数量单种或者合计五亩以上、其他林地十亩以上，或者非法占用草原二十亩以上等情形。
非法占用农用地罪是指违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的行为。
对于非法占用农用地的立案标准，具体来说：
在耕地方面，如果非法占用基本农田达到五亩以上，或者非法占用基本农田以外的耕地达到十亩以上，就可能达到立案标准。基本农田是国家重点保护的农业生产用地，其重要性不言而喻。而对于一般的耕地，达到一定规模的非法占用也会被视为犯罪。
在林地方面，非法占用防护林地或者特种用途林地数量单种或者合计五亩以上，或者非法占用其他林地十亩以上的，应当立案。防护林地对于维护生态平衡、防止水土流失等具有重要作用，特种用途林地往往具有特殊的生态、科研等价值。
在草原方面，非法占用草原二十亩以上的，会予以立案。草原是生态系统的重要组成部分，对于保持生态多样性、维护生态平衡有着不可替代的作用。
需要注意的是，除了数量标准外，“改变被占用土地用途，造成耕地、林地等农用地大量毁坏”也是判断是否构成此罪的重要因素。例如，在耕地上进行非法建设、倾倒垃圾等行为，导致耕地无法再进行正常的农业生产，即使占用的面积未达到上述标准，但造成严重后果的，也可能被立案追究刑事责任。
法律对于农用地的保护是非常严格的，这是因为农用地关系到国家的粮食安全、生态平衡以及可持续发展。任何人都应当遵守土地管理法规，合理合法地利用土地资源，不得非法占用农用地。
法律依据：
根据最高人民法院《关于审理破坏林地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》规定：具有下列情形之一的，应当以非法占用农用地罪判处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金：(一)非法占用并毁坏防护林地、特种用途林地数量分别或合计达五亩以上;(二)非法占用并毁坏其他林地数量达到十亩以上;(三)非法占用并毁坏本条第(一)项、第(二)项规定的林地，数量分别达到相应规定的数量标准的百分之五十以上;(四)非法占用并毁坏本条第(一)项、第(二)项规定的林地，其中一项数量达到相应规定的数量标准的百分之五十以上，且两项数量合计达到该项规定的数量标准。
