妨害传染病防治罪的立案标准包括拒绝执行卫生防疫机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施，引起甲类传染病传播或者有传播严重危险等情形。
妨害传染病防治罪是指违反传染病防治法规定，引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的行为。
其立案标准主要涵盖以下几个方面：
1. 供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的。
2. 拒绝按照卫生防疫机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、粪便进行消毒处理的。
3. 准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的。
4. 拒绝执行卫生防疫机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的。比如，未按照规定对传染病病人、病原携带者、疑似传染病病人进行隔离治疗，未对被传染病病原体污染的场所、物品以及医疗废物进行消毒处理等。
5. 造成甲类传染病以及依法确定采取甲类传染病预防、控制措施的传染病传播或者有传播的严重危险的。
需要注意的是，判定是否构成此罪，需要综合考虑行为人的主观过错、行为的危害后果等多方面因素。如果行为人明知自己的行为会造成传染病传播的危险，仍然故意实施相关行为，且造成了严重后果或者有严重传播危险的，就可能被立案追究刑事责任。
在当前的社会环境下，特别是在面对重大传染病疫情时，每个人都有责任和义务遵守相关的防疫规定和措施，这不仅是对自己和他人生命健康的尊重和保护，也是维护社会公共卫生安全的需要。
法律依据：
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》
第四十九条 ［妨害传染病防治案（刑法第三百三十条）］违反传染病防治法的规定，引起甲类或者按照甲类管理的传染病传播或者有传播严重危险，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的；
（二）拒绝按照疾病预防控制机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、粪便进行消毒处理的；
（三）准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的；
（四）拒绝执行疾病预防控制机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的。
本条和本规定第五十条规定的"甲类传染病"，是指鼠疫、霍乱；"按甲类管理的传染病"，是指乙类传染病中传染性非典型肺炎、炭疽中的肺炭疽、人感染高致病性禽流感以及国务院卫生行政部门根据需要报经国务院批准公布实施的其他需要按甲类管理的乙类传染病和突发原因不明的传染病。
