职务侵占罪主体的认定难点主要在于对“公司、企业或者其他单位的人员”的范围界定，以及与类似罪名主体的区分等方面。
职务侵占罪的主体为特殊主体，即“公司、企业或者其他单位的人员”。在认定这一主体时，存在多个难点。
首先，对于“单位”的界定存在一定的复杂性。并非所有的组织形式都能被认定为法律意义上的“单位”。例如，一些临时设立的、没有经过合法登记注册的组织，是否能被视为“单位”，需要综合考虑其组织形式、运营模式、是否具有一定的稳定性和持续性等因素。
其次，“人员”的身份认定也可能存在争议。比如兼职人员、临时工、劳务派遣人员等，他们在何种情况下能够被认定为职务侵占罪的主体，需要根据具体的用工形式、工作职责和权限等进行判断。
再者，区分职务侵占罪主体与贪污罪主体是一个难点。在国有公司、企业中工作的人员，如果从事的是管理国有资产的职务活动，可能构成贪污罪；而如果从事的是非国有资产管理的职务活动，则可能构成职务侵占罪。对于这两者的区分，需要明确其所从事的具体工作内容以及所管理资产的性质。
此外，在一些关联公司、企业之间人员的流动和交叉任职的情况下，确定主体的归属也具有一定的难度。例如，某人在多个关联公司中均有任职，其利用职务之便侵占财产时，需要准确判断其在实施犯罪行为时所依据的职务来源于哪个公司，从而确定其主体身份。
还有，对于一些公司、企业的实际控制人或者隐名股东，如果他们参与了公司的经营管理，并利用职务之便侵占公司财物，其主体身份的认定也需要谨慎判断。要考虑他们在公司中的实际作用、权力行使方式以及与公司的法律关系等因素。
总之，职务侵占罪主体的认定需要综合考虑多方面的因素，结合具体的案件事实和法律规定进行准确判断。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百七十一条公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役;数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。
