传染病菌种、毒种扩散罪的立案标准为，导致乙类、丙类传染病流行、暴发的；造成人员重伤或者死亡的；严重影响正常的生产、生活秩序的等。
传染病菌种、毒种扩散罪是指从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的行为。
在判断是否达到立案标准时，通常会考虑以下几个方面的具体情形：
首先，导致乙类、丙类传染病流行、暴发的情况。这里的乙类、丙类传染病是根据《中华人民共和国传染病防治法》的规定进行划分的。流行是指在一定地区，某一种传染病在某一时期内，发病数显著超过历年同期的发病水平。暴发则是指在一个局部地区或集体单位中，短时间内突然有很多相同的病人出现。
其次，如果造成了人员重伤或者死亡的后果，也应当立案。人员的重伤或者死亡是严重的危害结果，表明传染病菌种、毒种的扩散带来了极其严重的人身损害。
再者，严重影响正常的生产、生活秩序也是立案的重要考量因素。这包括但不限于使得某个地区的经济活动受到重大阻碍，社会公共服务无法正常开展，民众的日常生活受到极大干扰等。
需要注意的是，对于“后果严重”的认定，应当综合考虑传染病菌种、毒种扩散的范围、传播的速度、对社会造成的危害程度等多方面因素。同时，司法机关在具体案件中会依据相关的法律法规和司法解释，结合案件的具体情况进行准确判断和认定。
法律设立传染病菌种扩散罪的目的在于维护公共卫生安全，保障广大人民群众的生命健康。相关人员在从事涉及传染病菌种、毒种的工作时，必须严格遵守相关规定和操作流程，防止因疏忽或故意导致严重后果的发生。
法律依据：
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(一)》第五十条
